Aquí os maestro el código para realizar un listado de categorías y subcategorías. Debido a que existen categorías que por su característica no me interesaba listar tuve que instalar el plugin FilterCategories.

<ul class="cat">
<MTSubCategories>
<MTFilterCategories exclude="Enlaces|Fotos|PapelArroz|FotoSup">
  <li><a href="<$MTArchiveLink$>"><$MTArchiveTitle$> 
    <MTIfNotEqual a="[MTCategoryCount]" b="0">(<$MTCategoryCount$>)
    </MTIfNotEqual></a>
    <MTHasSubCategories></li><ul class="cat"><MTSubCategories>
    <MTSubCatIsFirst>
    </MTSubCatIsFirst>
  <li>
    <a href="<$MTArchiveLink$>"><$MTArchiveTitle$>
    <MTIfNotEqual a="[MTCategoryCount]"
    b="0">(<$MTCategoryCount$>)</MTIfNotEqual></a>
    <MTSubCatsRecurse>
  </li>
  <MTSubCatIsLast></MTSubCatIsLast>
  </MTSubCategories></ul></MTHasSubCategories></li>
</MTFilterCategories>
</MTSubCategories>
</ul>